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[태그:] genomic DNA prep

  • 인천대학교 나노바이오실험(1) Genomic DNA prep & Gel Electrophoresis

    목차

    1. 실험목적
    2. 이론
    3. 실험방법 및 주의사항
    4. 실험결과
    5. 고찰

    본문내용

    1. 이론
    – genomic DNA
    : Genomic DNA는 염색체 DNA로, Plasmid DNA와 같은 Extra-chromosomal DNA와 대조되는 개념이다. 대부분의 생물은 모든 세포에서 같은 Genomic DNA를 갖지만, 특정 gene의 발현으로 cell type과 function이 달라진다. 어떤 organism의 genomic DNA인지에 따라 다음과 같은 특성을 지닌다.
    a. Genomic DNA of Virus
    DNA 바이러스의 유전물질로, 이중 가닥 또는 단일 가닥 DNA로 이루어져 있다. Linear 혹은 Circular한 구조를 가지며 단백질로 이루어진 Capsid라는 구조에 둘러싸여 있다.
    b. Genomic DNA of Prokaryotes

    <중 략>

    1. 고찰
    Mouse tail에서 genomic DNA를 추출하는 실험을 진행하였다. 이 실험을 통해 genomic DNA와 plasmid DNA의 차이를 알고, genomic DNA를 분리하기 위한 화학적 방법과 물리적방법의 특징을 알 수 있다. genomic DNA를 추출할 수 있고, 그 원리를 이해할 수 있으며, nanodrop를 통해 DNA 농도를 측정할 수 있고, 전기영동으로 분석할 수 있다.
    genomic DNA를 추출하기 위해 Lysis, Precipation, Purification 세단계를 거쳐 진행한다. Lysis에서는 세포가 분해되어 DNA를 방출하고, 이 과정은 기계적인 분해 방법과 화학적 분해 방법이 있는데 화학적으로 분해할 때에는 Proteinase K와 같은 효소나 계면활성제를 사용해 세포 단백질을 분해시킨다. Precipitation에서는 Cellular debris로부터 free DNA를 분리한다. 이때 DNA 분자의 음전하를 중화하기 위해 나트륨 이온을 사용하고, 그 다음 Isopropanol과 같은 Alcohol이 첨가하여 DNA를 침전시킨다. 수용액으로부터 DNA를 분리한 후…

    출처 : 해피캠퍼스

  • 세포생리학실험_cell culture, Genomic DNA Isolation_genomic DNA 추출, total RNA 추출, 전기영동,

    목차

    Ⅰ. Title
    Ⅱ. Abstract
    Ⅲ. Introduction
    Ⅳ. Results
    Ⅴ. Discussion
    Ⅵ. Materials&Methods
    Ⅶ. References

    본문내용

    Ⅰ. Title
    cell culture, Genomic DNA Isolation

    Ⅱ. Abstract

    세포에 대한 연구는 모든 생명과학 분야 및 여러 응용과학의 기초가 된다. 여러 실험에 사용하기 위해서는 세포의 인공적인 배양이 필수적이다. 최근에는 HEK 293T cell line이 mammalian cell을 사용한 연구에 자주 사용된다. 이는 성장 및 유지환경 등에서의 관리가 쉬워 세포의 배양이 용이하다고 하는데, HEK293T cell cultrue을 진행해 세포의 완전한 성장이 언제쯤인지, 세포의 모양은 어떤지 관찰하고자 하였다. 모든 세포는 유전물질로 DNA를 가지는데, DNA의 종류 중 genomic DNA는 생물이 생명을 유지하는데 필요한 단백질들을 만드는 유전정보가 있으므로 생체 내에서 중요한 역할을 한다. 또한, DNA와 함께 RNA도 유전정보를 포함하는 핵산인데, 이는 단백질 합성에서 주형 역할을 하는 mRNA와 펩타이드 결합의 생성을 촉진하는 tRNA, 번역단계에서 촉매작용을 하는 rRNA 등 여러 종류가 존재한다. 따라서, genomic DNA와 mRNA, tRNA, rRNA등을 모두 포함한 total RNA를 HEK293T cell에서 추출하여 전기영동을 통해 이들의 존재 여부 및 크기 등을 관찰하고자 한다.
    세포의 배양에는 DMEM 배지와 FBS를 사용하였으며, Trypsin-EDTA로 바닥의 cell을 떼어낸 뒤 원심분리로 cell pellet만을 남겨주었다. 이후 DMEM배지를 cell pellet에 넣어 페트리디쉬에 옮겨 37도씨에서 배양하였다. genomic DNA의 추출은 cell을 원심분리를 통해 모은 뒤 lysis의 과정을 거쳐 세포를 용해시킨 후, 단백질을Genomic DNA extraction buffer과 Proteinase K로 변성 및 분해시켰다. RNA는 RNase로 제거하였다. 단백질과 RNA 제거에 쓰인 용액들을 sodum acetate, phenol,chloroform, 알코올 건조를 통해 제거하고 genomic DNA만 추출하였다. 이후 전기영동해 DNA band를 확인하였다. total RNA의 추출은 cell을 원심분리를 통해 모은 뒤 TRIzol(TRI Reagent)로 cell을 용해시켰다. 이후 chloroform을 넣고 원심분리한 후 생긴 3개의 층 중 aquaphase에서 RNA를 추출해 전기영동해 band를 확인하였다.

    출처 : 해피캠퍼스

  • 인천대학교 나노바이오실험(1) A 자료) 6. Genomic DNA prep & Gel Electrophoresis

    목차

    1. 실험 일시 및 장소
    2. 실험 도구
    3. 이론
    4. 실험 목표
    5. 실험 방법
    6. 결과
    7. 고찰
    8. 출처

    본문내용

    2. 실험 도구
    – Sample : mouse tail
    – 실험 기자재 : 마이크로 피펫 & 마이크로 피펫 팁, EP tube , tube rack, 라텍스 장갑, nanodrop, UV lamp, 전기영동장치, shaking incubator, centrifuge
    – 시약 : lysis buffer(1M Tris HCl, 0.5M EDTA, 010% SDS, 5M NaCl), proteinase K, isopropanol, agarose powder, 1X TAE buffer, 70% DEPC-EtOH, DNA size marker, DW, 6X loading dye, gel electrophoresis buffer, EtBr

    3. 이론
    ① Genomic DNA
    Genomic DNA는 긴 이중사슬로서 세포 핵 내에 존재한다. 게놈 DNA 또는 gDNA는 유기체의 염색체 DNA로 유전 물질의 대부분을 나타낸다. 세포가 본래 가지고 있는 DNA로, 외부에서 들어온 plasmic DNA같은 extra genomic DNA가 아닌 chromosome DNA이다. 세포가 살아가는데 필요한 모든 유전정보들을 담고 있는 DNA이다. 진핵세포 생물의 경우, 핵 내에 존재하는 chromosome DNA 뿐만 아니라, 미토콘드리아나 엽록체 genomic DNA를 모두 포함하기 때문에 진핵세포가 가지고 있는 total genomic DNA를 의미하기도 한다.
    ② DNA 추출
    Genomic DNA와 plasmic DNA 추출의 기본 원리는 같으나, plasmid DNA는 genomic DNA로부터 plasmid를 분리하기 위한 단계를 거쳐야 한다. 세포로부터 DNA 추출은 크게 세포의 수확(cell harvest), 세포의 파괴(cell lysis), DNA 추출과 정제(DNA purification)의 과정으로 나뉜다.
    1) 세포의 수확 : 일반적으로 원심분리를 이용하여 세포를 수확한다.
    2) 세포의 파괴
    세포로부터 DNA를 분리하기 위해서는 세포 내 DNA가 세포 밖으로 유출될 수 있도록 세포벽, 세포막을 분해해야한다. 이는 물리적, 화학적 방법으로 나뉜다.

    출처 : 해피캠퍼스